梁山好汉攻打曾头市时，晁盖不慎被史文恭毒箭射中面颊身亡。为替他报仇，军师吴用和黑旋风李逢潜入大名府，企图说服卢俊义（丹波哲郎）入伙梁山，达到“用卢制史”的目的，但潜心习武的卢俊义一直犹豫不决。不料隔墙有耳，事情被与卢俊义妻子有染的管家李固闻悉，向官府告发后卢俊义被捕，不日将以“私通梁山贼寇”罪名被斩首示众。 　　卢俊义的心腹浪子燕青（姜大卫）前往梁山求救，宋江得信后立刻调派林冲（岳华）、武松（狄龙）等人去劫法场，一场梁山好汉与官府的大战就此展开。

天无门主呼伦法师(张道饰)苦练「子阴毒功」有意称霸天下，作法取童子尿与胎盘，以供练功，手段残酷。高生(袁日初饰)乃阴阳堂弟子，无意中闯进禁地，发现「阴阳分元大法」秘籍，乃暗中偷练，但因根基浅薄，弄得魂魄离身，不能返回，幸得银久(李文泰饰)及时救助。海青派李天道遭天无门杀害，妹李剑娥(刘皓怡饰)遍访江湖寻兄。是夜正值关作法取童子尿，剑娥查悉制止……

科学门以道术奇诡见称，可惜后人吴顺超无心向道，其婆婆苦无教孙良方。龙虎山道观醉道人发现超具习道条件，死缠对方，此时出现了一名叫脑魔的怪客，道术高强，处处要把科学门众人至于死地……

东东（梅艳芳 饰）与心靖（杨紫琼 饰）年幼时得到武林高手的收养，传授她们武功望她们能长大后行侠仗义。同是孤儿的两人情同姐妹。不料心靖在12岁时被抓走，从此失去音信。东东长大后下嫁了警官刘启文（刘松仁 饰），生下女儿后当上了贤妻良母。多年来她一直向家人隐瞒自己的身份，但 夫妻俩之间却因为这样变得疏远。 　　当年心靖被清朝宦官陈公公抓走，用毒液洗去了她记忆后利用她的好身手干着坏事。陈七（张曼玉 饰）也是公公的手下，生性不羁，她中毒并不深，记忆不久便恢复了。她跟东东一般富有正义感但视钱如命。三人在一次偷取婴儿的争斗中相遇了，但心中的正义感令她们本来对立的角色演变成一直的方向，对付危害大众生命的女勇士。

舂米六（洪金宝 饰）的叔父惨死于满洲人手下，舂米六发誓要替叔父报仇。在三德和尚（陈星 饰）的带领之下，舂米六进入少林寺修习武艺，很受师傅静尘（黄枫 饰）赏识。舂米六报仇心切，知道自己闯不过木人巷，于是决定偷偷潜出少林寺，形迹败露，面临寺规惩戒，所幸惩戒他的是师兄谢亚福（田俊 饰），很快舂米六就获得了下山的许可。 　　牛精良（卢海鹏 饰）面恶心善，是染布厂的机房工人，纨绔子弟白安福（冯克安 饰）长着自己身为满洲人的兄长在市内横行霸道为非作歹，奸污了牛精良貌美如花的妹妹，使其含恨自杀。悲愤交加的牛精良决心替妹妹报仇。

水师提督顾长风（于荣光饰）奉朝廷之命带领西班牙舰队探访黑木崖，过程中西班牙领队欲打开东方不败的棺木与视东方不败为偶像的顾长风发生争执。正在此时黑木崖上忽然现身一怪人（刘洵饰），可以以掌接西班牙火枪子弹。顾长风被怪人所救，却身受内伤，坚信其便是东方不败，坚持要一见其真面目 ，虽死无憾。怪人一偿所愿，让其看自己的庐山真面目，正是当年风采依旧的东方不败（林青霞饰）。顾长风告诉东方不败江湖上有很多人正在冒充他的名号为非作歹，东方不败于是决定留其性命，让他看着自己重出江湖。与此同时，东方不败旧时爱妾雪千寻（王祖贤饰）正率领着一群苗人打着东方不败的旗号与日本倭寇就海域问题谈判，雪千寻痴心不改，重组神教只是为了等待爱人归来......

令狐冲（李连杰饰）在按计划与日月神教的朋友会面后，将和小师妹岳灵珊（李嘉欣饰）等其他华山派师兄弟赴牛背山归隐退出江湖。路途中意外发现练就“葵花宝典”的东方不败（林青霞饰），但令狐冲不认识东方不败，误将对方当成一位美貌女子。后来几次相遇，还一道饮酒吟诗。 　　在同任盈盈（关之琳饰）、蓝凤凰（袁洁莹饰）会合后，几个月来江湖不平，大事连连。任我行为东方不败所囚禁，他们商量着夺回日月神教，便乔装进入浪人营打探，救出任我行。 　　另一边华山派弟子惨遭毒手，黑木崖上，令狐冲和一干人都想着报仇，他惊觉眼前人竟是东方不败……

越西鸿（任世官 饰）手下有十三名忠心耿耿的义子，江湖人称“冷血十三鹰”，武功高强的十三人是越西鸿的左膀右臂，专门助他在江湖中排除异己。某日，越西鸿命令十三鹰刺杀星宿教主老魔（钟发 饰），夺回他所拥有的“七星利血宝典”，在激战之中，银鹰戚英明（刘子蔚 饰）不幸受伤坠下山崖。 　　幸运的是，垂死的戚英明遇见了偶然路过的葵花圣女（杨丽菁 饰），在她的精心照料下，戚英明渐渐恢复了健康，只不过，他向葵花圣女隐瞒了自己的真实身份。回到义父的身边后，十三鹰再次接到了刺杀傲天行的任务，然而，戚英明却对义父的决定心怀不满，因为傲天行素来行端坐正，在江湖上颇具威望。与此同时，戚英明再也不会想到的是，傲天行的女儿，竟然正是自己的救命恩人葵花圣女。

白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。 　　在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。

清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿（李连杰）常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽（元彪）在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨（关之琳）后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。 　　严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。