在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。 　　三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……

在私立莉莉安女子学院里，有着这样一个制度，新入校的学生要选择一位高年级的学姐，两人结为“姐妹”，在校学习的期间，姐姐将全方位的照顾教导妹妹的生活礼仪。在学院里，山百合会的名字如雷贯耳，作为会长的小笠原祥子（伊藤美纪 配音）、鸟居江利子（生天目仁美 配音）和佐藤圣（封口惠美 配音）三人更是学院里女生们倾慕的对象。她们被称为学院的三朵蔷薇，平日里，她们和她们的妹妹，也就是蔷薇花蕾管理着学生会里的大小事宜。 　　平凡的少女福泽佑巳（植田佳奈 配音）在误打误撞中成为了祥子的蔷薇花蕾，同时也肩负起了管理山百合会的重任。在和其他花蕾相处的过程中，又温馨又轻松的校园生活开始了。

某天，一群来自Picto星球的外星人莅临地球，他们心怀叵测，发誓要将所有的地球人变成野篦坊（日本民间传说中没有五官通体白色的妖怪），进而吞并全银河系最为落后的地球。危机当前，美国（小西克幸 配音）、英国（杉山纪彰 配音）、法国（小野坂昌也 配音）、俄罗斯（高户靖广 配音）、德国（安元洋贵 配音）、意大利（浪川大辅 配音）等曾经势不两立的大国放下芥蒂，虽然争吵不断，但还是决心和外星入侵者决一死战。各国派出自己最高精尖的武器和军队，可是全部被Picto星人白化。形势愈演愈烈，各国只好深入虎穴，闯入对方的飞碟母舰中…… 　　本片根据同名漫画改编，为该动画片的剧场版。

The story of the movie is somewhat based on the plot of the most recent game, "Sakura Wars 3," released back in March this year. While the game features Lieutenant Ohgami, the main character who takes off for Paris, narrates one side of the story, the movie unveils the secrets behind Hanagumi. Ohgami leaves for Paris, consequently leaving Hanagumi without a leader; thus a new character will be introduced here. To be replaced with Lieutenant Ohgami is the former leader of Hoshigumi, Rachette Artile - a rationalistic and distinct individual, who brings about serious problems to Hanagumi. The members are now in discord with Rachette. Meanwhile, Teikoku Kagekidan was being threatened by some irrelevant demons and a new type of anti-kouma mechas, (brought by an american company) appears and tries to replace the koubu-kai. Having made repeated mistakes due to the absence of Ohgami, Hanagumi is now faced with an unprecedented danger, while the abolishment of Teikoku Kagekidan Hanagumi is being schemed.

故事发生在1928年的美国，蓬勃的经济发展带来的不仅仅是更好的生活，一些肉眼无法看见的邪恶也在暗中滋生着。罗塞特（川上友子 配音）是马格达拉修道院的修女，同时，她也是一名怪物猎人。为了获得力量，罗塞特与恶魔克罗诺（石田彰 配音）结下了“怀表契约”，他通过吸食罗塞特的生命来维持自己的形象，在战斗时，更是能以生命为养料发挥出超强的战斗力。 　　罗塞特明白自己命不久矣，但她有一个心结必须在死前解开，那就是她的弟弟约书亚（皆川纯子 配音）。一次意外中，约书亚和罗塞特被迫分离，而这些年来罗塞特一直都在寻找弟弟的踪迹，她能在死前与弟弟重逢吗？就在罗塞特为了亲情奔波的同时，克罗诺的内心也进行着痛苦的挣扎。

21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。 　　几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔，但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护，但三个巨像已被破坏剩一个，队员·大伍的战机也被击中，且逃生装置失灵。在危急关头，大伍突然化成光，和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活，并与两大怪兽展开了战斗……