在这个维度里，世界被分为“海”和“空”两大空间，在海中居住着被称为“海人”的古老民族，在幽暗宁静的海底，他们过着平静纯洁的生活。和海人相对应的，则是在陆地上居住的“空人”，由于缺乏了解，在海人的心目中，空人一直都是高大可怖的存在。 　　一日，海人马琳（阿澄佳奈 配音）在海底捡到了一枚戒指，为了将它归还给失主，她和妹妹乌琳（堀江由衣 配音）来到陆地上，开始了一场大冒险。马琳顺利找到了戒指的主人宫守夏音（寿美菜子 配音），可是由于夏音的任性，戒指再度丢失。在寻找戒指的途中，马琳意外的打开了装载着邪恶力量的石棺，世界陷入了危机之中。与此同时，栖息在马琳和夏音体内的巫女力量也开始觉醒，作为“海之巫女”和“空之巫女”，女孩们能够战胜凶恶的幽灵吗？

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★ 原班人馬重啟感動！ 　　★ 小魔女DoReMi，給正在瓶頸的你力量！ 　　★ 等待二十年…魔法再次降臨！ 　　 　　感到迷惘是正常的 　　想成為老師，卻失去自信心，對將來感到迷惘的大學生－長瀨空（名古屋） 　　從事理想的工作，卻難以融入職場文化，原因出在小時候住在國外的上班族吉月美鈴（東京） 　　努力打工存錢想要實現夢想，現實生活卻被沒用的男友耍得團團轉的打工女孩川谷麗香（廣島縣尾道市） 　　年齡、個性和居住地都不同的三名女性，都陷入對人生迷惘的階段，看不清楚夢想中描繪的未來，這時，引領她們相遇的竟是「小魔女DoReMi」！？ 　　 　　在小魔女實習生以前聚集的鎌倉洋樓「魔法堂」，她們命運般地認識彼此，和小魔女DoReMi一同踏上「飛驒高山、京都、奈良」的旅行… 　　 　　三人度過一段有笑有淚、互相扶持的珍貴時光，她們這時才發現，原來小魔女們無論何時總是在自己的身旁。小魔女推了她們一把，讓她們踏出新的一步，美好的世界更加寬廣了…

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一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。 　　这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，于是，3个飞天小女警诞生了！！ 　　与此同时，那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢？……

在科技高度发达的未来世界，繁华堕落的马杜克市，醉生梦死，纸醉金迷。受万千宠爱、养尊处优的美丽少女露恩•芭洛特（林原惠美 配音），虽然从赌场经营者榭尔（中井和哉 配音）那里得到一切，但却抑制不住想要探寻自己真实身份的渴望。她的念头似乎触怒了专横的榭尔，因此惹来杀身之祸。危急之时，芭洛特得到犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人 配音）的救助，并在马杜克紧急法令09的庇护和允许下，拥有了法令禁止的特殊能力。乌夫库克希望借助少女之手，揭露榭尔一系列的罪行。对她来说，这不啻为一次凶险的旅程…… 　　本片根据冲方丁的科幻小说改编，为“壳中少女”三部曲中的第一部（另两部分别为“燃烧”和“排气”）。