邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球，他本人是一位智勇双全的领袖，但此刻已变成一个邪恶的狂人，他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰，后又偷取了寇克船长的儿子和旧情人制造的毁灭性武器。并引诱企业号投入他精心设计的圈套……

英国政府邀请抗击鲨卷风的英雄芬•谢泼德参加关于抵御鲨卷风的高级会议。但他的好友诺娃在此时紧急联系他前往巨石阵探寻人类祖先抵御鲨鱼的秘密。两人在神秘洞穴中取得神器，却没想到引发了大规模的风暴，无数鲨鱼从天而降，世界各地接连遭遇灾难。芬和诺娃匆忙赶回，与半机器人的妻子阿普里尔和小儿子吉尔并肩作战。然而风暴太过猛烈，诺娃没能保护好吉尔，致使他被卷入风暴。芬和阿普里尔心急如焚，想方设法欲进入风暴救出儿子。他们被风暴带到瑞士、澳大利亚、巴西、意大利和日本，所到之处哀鸿遍野，一片狼藉。这时，被海上核废料污染发生变异的鲨鱼愈发凶猛，芬的家人朋友纷纷殉难，噩耗接踵而至。痛心疾首的夫妇二人将何去何从，他们将如何阻止灾难的继续？