友引高中即将迎来新一年的学园祭，上到老师，下到学生，却都为了这个重要节日而忙碌。虽然应名还有最后一天的准备时间，但是日复一日，年复一年，学园祭开幕式却迟迟未能举行。疲劳的温泉老师从中感到蹊跷，他感到自己与周围的人每年都过着同样的生活，却丝毫未能察觉奇怪之处。温泉将这个想法告诉了樱花老师，两人商议命令天天泡在学校的学生们回家，可是无论如何兜兜转转，面堂等人最终还是回到了学校门口，而留守的温泉老师也就此失踪。经过数日同样的诡异生活，面堂、阿当等人同意与樱花老师成立事件真相纠察小组，大家一同进入了时间和空间分外诡异的友引高中…… 　　本片根据漫画家高桥留美子的原作改编，是该系列动画的第二部电影版，导演押井守对影片的全新诠释却引起了原作者的不满。

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。 　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。