人称「红色彗星」的吉翁公国军王牌驾驶员夏亚·阿兹纳布尔，以及他的妹妹塞拉·玛斯。以决定两人命运的悲剧之始为背景，掌握Side3实权并统率公国的扎比家，兰巴·拉尔与黑色三连星等在「一年战争」中活跃的吉翁军名将们年轻时的勇姿，改变战况的人型机动兵器「机动战士」的开发秘闻，与地球联邦军之间的摩擦以及开战经过……等等这些「一年战争」以前的故事，初次以影像形式展现出来。

真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。 　　但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。 　　为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗── 　　在激战的彼端，等待着他的是……

身为高中数学老师的犬冢公平（中村悠一 配音）的妻子去世，留下五岁的女儿犬冢䌷希（远藤璃菜 配音）的父亲相依为命。善良而又负责的公平细心的呵护着女儿，却独独在做饭这件事情上力不从心，父女两人只得用外卖来应付一日三餐。 　　某日，带着女儿赏花的公平遇见了自己班上的学生饭田小鸟（早见沙织 配音），并且得知小鸟的母亲经营着一家料理屋，于是，公平决定带着䌷希去那里吃饭，哪知道店中坐镇的，却只有亦不擅长料理的小鸟，于是，小鸟决定代替母亲，亲自下厨，最后却发展成为了三人一起下厨，就这样，一段充满了温情和欢笑的美食物语在餐桌和厨房之间展开。

主人公水野贵弘过去在日本的马上长矛比武中所向披靡，于是为了测试自己的实力而到了国外留学进而参加更多大赛。在一次的大会中意外的受伤而导致败北，而后也从马上长矛比武引退，转修骑士辅助人员。 　　又到了将近马上长矛大赛的时期，为了培养出优秀的骑士，水野贵弘以辅助员的身份在学校中遇到了形形色色的高贵的大小姐们。 　　曾经受挫的骑士化作今日的骑士辅佐员，和少女骑士一起去拉开这持久激烈的战斗。

“东京决战”一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。但是，鲁路修与弟弟罗洛的一次出行，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。 　　身为帝国王子的鲁路修，为了建立人人平等的世界、让妹妹娜娜丽幸福的世界，而使用GEASS，令人绝对服从的力量，带领黑色骑士团向帝国宣战。带上假面化名ZERO的他，却在一年前的“东京决战”中被好友朱雀击败，被帝国皇帝抹去了记忆。 　　现在，恢复记忆的鲁路修不仅要面对帝国的强大军事力量，更要面对虚假的弟弟罗洛、失踪的妹妹娜娜丽、不知敌友的中华联盟、内部出现分歧的黑色骑士团。面对内忧外患，鲁路修走上了GEASS之力的诅咒——孤独的王之路。

鲁路修本是帝国的王子，在母后遇害后，和失明的妹妹一起被流放到11区（原日本国）作为人质。在那里他们结识了日本王子朱雀，三人共同度过一段美好的童年时光。帝国最终全面攻陷了11区，鲁路修和妹妹的安宁生活再次被剥夺，朱雀和他们也分散了。 　　鲁路修和妹妹隐瞒身份，过着看似平凡的学生生活。然而鲁路修心中对于帝国的仇恨却未停止。他希望摧毁帝国，为妹妹营造一个可以快乐生活的世界。这一切随着神秘少女C.C的出现变得不再遥不可及。 　　此时朱雀也再次出现在他们的生活中，然而残酷的现实让童年的挚友难以重温童年往事。这里没有正义和邪恶，黑暗与光明，有的仅仅是艰难的抉择和难以预料的明天。

原作ライトノベルは中高生を中心に絶大な人気を誇り、テレビアニメも大好評の「灼眼のシャナ」。初映画化となる本作では、原作小説の第1巻を基に、主人公の悠二と少女シャナとの出会いや、異世界から来た化け物・紅世の徒との戦いの始まりを描く。高校生の悠二は、人の“存在”を灯りに変えて喰らう化け物・紅世の徒に襲われたところを、紅蓮の髪と眼を持つ謎の少女に救われる。しかし彼は、自分がすでに“存在”していないことを知らされ……。

『#13' 炎天下の撮影モデルも楽じゃありませんわね。』が、2010年7月24日発売の『とある科学の超電磁砲 OFFICIAL VISUAL BOOK』付属DVDに収録された。テレビアニメ第1期第13話と平行したオリジナル短編エピソードである。

———— 身長差15メートルの恋 　　未知の生命体・ガウナに地球を破壊され、かろうじて生き残った人類は 　　巨大な宇宙船「シドニア」で旅を続けていたが、100年ぶりにガウナが現れた。 　　再び 滅亡の危機に襲われた人類だったが、人とガウナから生み出された白羽衣つむぎや 　　人型戦闘兵器・衛人 （ルビ：モリト） のエースパイロットである谷風長道の活躍により、ガウナをいったん撃退。なんとか勝利をおさめたのだった。 　　あれから10年－。 　　シドニアの人々は、つかの間の平和を楽しんでいた。

第九卷附赠OAD