在一场人类的浩劫之中，兰顿（三瓶由布子 配音）的父亲牺牲了自己，拯救了地球，被称为英雄永久的记入了史册。失去父亲后，兰顿一直和身为机械工程师的祖父相依为命。日复一日的寻常生活让兰顿感到十分压抑，只有一件事情能够激起他的兴趣，那就是在青年之中十分流行的“滑空”运动。兰顿十分仰慕滑空天才霍兰德（藤原启治 配音），一直希望能够加入他的组织“月光洲”。 　　某日，一位名叫优莱卡（名冢佳织 配音）的神秘女孩驾驶着一架故障的LOF从天而降落到了兰顿的家中，随后，军队赶到，似乎在对优莱卡进行追捕。兰顿凭借着自己的勇气和实力战胜了军队，并因此而获得了加入月光洲的机会，少年平凡的命运就此改变。

友引高中即将迎来新一年的学园祭，上到老师，下到学生，却都为了这个重要节日而忙碌。虽然应名还有最后一天的准备时间，但是日复一日，年复一年，学园祭开幕式却迟迟未能举行。疲劳的温泉老师从中感到蹊跷，他感到自己与周围的人每年都过着同样的生活，却丝毫未能察觉奇怪之处。温泉将这个想法告诉了樱花老师，两人商议命令天天泡在学校的学生们回家，可是无论如何兜兜转转，面堂等人最终还是回到了学校门口，而留守的温泉老师也就此失踪。经过数日同样的诡异生活，面堂、阿当等人同意与樱花老师成立事件真相纠察小组，大家一同进入了时间和空间分外诡异的友引高中…… 　　本片根据漫画家高桥留美子的原作改编，是该系列动画的第二部电影版，导演押井守对影片的全新诠释却引起了原作者的不满。

海涅（植田圭辅 配音）拥有着小巧的身材和可爱的外貌，身为一个完完全全的普通人的他，既没有显赫的身世撑腰，亦没有受过什么高等的教育，却在意想不到之中被选中成为了“王室教师”。他的任务是从四位个性迥异的王子中选择可塑之才，将其培养成为继承王位的候补者。 　　拥有着比女子还要秀美的容貌却生活在深深的自卑之中的莱恩哈特（广濑大介 配音）、满腹诗书个性固执而又极端的布鲁诺（安达勇人 配音）、开朗乐观平易近人的里希特（苍井翔太 配音）、外表冷峻令人无法接近实际上却喜欢可爱的东西的凯（安里勇哉 配音），这些并不服从管教的熊王子们会给海涅出怎样的难题呢？

一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。

夜深人静，密林中央，两名男子不打招呼闯入胖胖的家中。他们是流动马戏团的团长和员工，正在寻找逃跑的小老虎。刚好胖胖一家不在，他们走进屋里，看到熊猫一家硕大无比的牙刷和椅子，两人吓得要命。就在此时，熊猫爸爸（熊倉一雄 配音）、米米（杉山佳寿子 配音）、胖胖（丸山裕子 配音）返回。两人被眼前的一幕吓坏了，落荒而逃。吃饱饭的胖胖回房间，发现有人动过他的毛巾、小号，还有人睡在他的床上。原来，那就是马戏团逃跑的小老虎（太田淑子 配音）。新成员的到来，让熊猫一家非常开心。 　　未过多久，大雨降临，洪水淹没了许多地方。而马戏团的动物也面临生命危险……