时为公元二二〇五年。 　　是以改变历史为目的的“历史修正主义者”开始对过去实施攻击的时代。 　　被赋予了守护历史这一使命的“审神者”，由他们所唤起的最强付丧神“刀剑男士”。 　　这是，他们以“某个本丸”为舞台，一心一意、开朗明快地生活的“花丸”物语——

距圣诞节仅有8天时间，SOS团在凉宫春日的号召下，不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨，阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 　　此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……

時は仮想19世紀末。 　　悲劇を嘆く弱い心によって呼び出された魂を、魔導式ボディに閉じ込めることで作られるAKUMAは、殺戮を繰り返すだけの殺人兵器となり、 　　さらなる恐怖と悲劇を生み続けることで進化していく。AKUMAを製造するのは、世界の終焉を目論む千年伯爵率いる「ノアの一族」。 　　そのAKUMAを破壊できる唯一の存在が「黒の教団」率いるエクソシストたち。 　　はるか昔から続く両者の戦いは、何者かに筋書きされた「裏」の真実があった…。