前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八尺乌遮天蔽日，被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。 　　在命运的交叉点，当麻和焚流能否阻止世界的灭亡？

自幼生长在江户的少爷（二宫和也 饰）耿直鲁莽，一言不合就挥拳相向，但是他绝对不会昧心说谎，颠倒黑白。在惹出一连串麻烦后，他被校长（佐藤浩市 饰）推荐去一处穷乡僻壤的中学任教。临行前一向疼爱他的女佣阿清（宫本信子 饰）百般叮咛，千万不可冲动行事。少爷懵懵懂懂地来到该学校，校长（岸部一德 饰）一团和气，毕业于帝大的教导主任（及川光博 饰）则是学校内的实权人物，他口蜜腹剑，掌管着所有人的命运。少爷和前辈数学老师（古田新太 饰）不打不相识，耿直的二人共同进退，因此受到教导主任的嫉恨。而英语老师（山本耕史 饰）因与刨冰姑娘（松下奈绪 饰）相恋，也受到追求女孩的教导主任的排挤。身处漩涡中的少爷，绝不会就此低头认输…… 　　本片根据夏目漱石的原作改编。

西暦1988年。人類は謎のUFO群の襲来により危機に瀕していた。人類の存亡をかけ、南海の秘密基地で建造されていた国連宇宙防衛艦・轟天は発進する。侵略者の正体は、太陽系から2万2千光年離れたメシエ13と呼ばれる球状星団・恒星ヨミの第三惑星人だった。彼らは年老いた母星そっくりの地球を征服すべく、指揮官ヘルのもとに金星に侵略の前線基地を築いていた。敵ヘルファイターとの激しい戦闘をくり返し、金星に向かう轟天。しかし、その前に敵の超努級戦艦・大魔艦が立ちふさがる……。

掌控日本国家未来的御前会议上，众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”，神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后，暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）负责。调查途中两人接到志村美玲（福田沙纪 饰）的求救电话，赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明 饰）不期而遇。当麻将美玲带回未详系，原本已经死去的阳太/一十一（神木隆之介 饰）竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手，当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。 　　在阳太的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现，黑暗降临的未来是否终将无法避免？

警视厅里存在一支特殊的队伍，他们与罪犯对峙靠的不是枪支弹药或是火拼，也无需斗得你死我活，而主要是依靠嘴和强大的心理承受力，这只队伍简称为“SIT”，也就是我们所说的谈判专家。 　　和犯人通过沟通协商的形式，以最小的代价拯救人质、当事人，这是SIT们的主要职责。在这支以男性居多的队伍中，有一抹亮丽的身影，那就是踩着高跟鞋，雷厉风行的宇佐木玲子（米仓凉子 饰）。但是她的到来起初并不受到男性同事们的待见，大家认为她的能力不足以扛下交涉人的重任。但随着一系列事件的展开，玲子向他们展示了自己不亚于男性的谈判能力，得到了广大同事，包括其上司桐沢圭吾（阵内孝则 饰）等人的认同……

经过长时间的休整，治疗眼伤的濑文焚流（加濑亮 饰）终于随着当麻（户田惠梨香 饰）重返阔别已久的未详，只是此时来自公安部公安五课的市柳（でんでん 饰）和吉川（北村一辉 饰）握得实权，令濑文等人颇为气闷。与此同时，在市井算命的觉被一掌握瞬间移动能力的黑衣男子射杀，同时遇害的还有觉的保镖以及几名无辜市民。父母双双遇害而作为幸存者并且目击了黑衣人真实容颜的少女久远望（谷村美月 饰）便成为对方追杀的目标。为了保护小望，未详同仁通力合作，并持续追索黑衣人的真面目以及其背后的阴谋。在此期间，当麻也展示了其不为人知的SPEC。一场斗智斗勇的战斗拉开了序幕……