故事发生在日本的江户时代，一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之后，桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他们寻找主人的下落。同时，银时（杉田智和）也受到委托，寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上，由于远离警察的管辖范围，飞艇里的恶势力一手遮天。在那里，银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助（子安武人 配音），高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子，一边是暴虐嗜血的妖刀红樱，身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗？ 　　此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》，其中，在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。

这个世界分为善和恶两个部分。恶魔塔罗牌掌控着属于恶的黑暗世界，而自然塔罗牌则身为抗衡黑暗的存在，一直制约着恶魔塔罗牌对于世界的吞噬。太阳灯里（门胁舞以 配音）是一个平凡的少女，幻想着能够成为和母亲一样的塔罗牌占卜师。一天夜里，灯里突然遭到了魔物的袭击，塔罗牌的力量将灯舞带进了一个魔幻的世界之中国，在那里，灯舞是手持长剑的剑士。 　　原来，这个世界上存在着拥有成为精灵塔罗牌的使用者的特殊能力的少女，而灯里就是其中一个。在灯里的力量觉醒之后，她被相关部门带往了一所专门保护和训练这样的少女的学校之中。

故事发生在立咲钟湖学园高中部内，阿佐谷未乃爱（本渡枫 配音）是刚刚来到此处进修的高中生，个性有些懵懵懂懂冒冒失失的她有着容易被卷入麻烦之中的体质，在这种体质的作祟之下，她遇见了上井草有栖（千本木彩花 配音）。上井是含着金汤匙出生的千金大小姐，却意外的对动画深深的着迷，上井拉着对动画并不是十分了解的阿佐谷成立了动画研究社。 　　个性非常安静沉稳的高圆寺美子（东城日沙子 配音）、表面看来是帅哥但实际上是重度OTAKU的中野光辉（寺岛悙太 配音）、个性异常中二因此被同学们孤立的武藏境快（伊藤节生 配音），动画研究社迎来的，是一张张崭新的面孔。