2013年，都市NO.6。这里是一个没有犯罪，没有疾病，没有战争，没有所谓痛苦和怨恨的理想国度。一直这么认为的12岁天才少年紫苑（梶裕贵 配音）和母亲住在NO.6的高级住宅区，在一个暴风雨的夜晚邂逅了颠覆他世界观的人——伤痕累累，有戾气的少年老鼠（细谷佳正 配音）。对老鼠感到好奇和好感的紫苑不但没有感到害怕还救了老鼠，结果被认为窝藏嫌疑犯，被剥夺了所有特权，继而沦为了公园管理员。 　　经历了这场变故的紫苑对所生存的理想世界产生了怀疑，城市里也频繁发生恐怖的死人事件。而这些事件和NO.6有着千丝万缕的联系，愈发困惑的紫苑不知自己已处在生死边缘，在关键时刻，被四年不见的老鼠所救，来到了NO.6外圈的贫民区。在这里，紫苑逐渐认识到了NO.6的真相，而危险远没有离开他们……

1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。 　　2000年，天才少年·高山我梦在一次试验中见到神秘的红色光之巨人。当破坏招来体第一次进攻的时侯，XIG起不到作用。此时，我梦坠入光之隧道，并再次看见巨人，他希望巨人能赐予力量保卫地球。于是，巨人与我梦合二为一，并与破坏招来体展开了战斗。 　　在战胜破坏招来体之后，我梦加入了XIG，而巨人则被命名为“盖亚”。但此时，另一名青年·藤宫博也亦拥有着变身成巨人“阿古茹”的力量。两个巨人与破坏招来体将会展开一连串的战斗。

某天，一个都市消灭了—— 　　独行侠运输员拓也，与唯一从消灭中生还的少女小雪。两人靠着本以为音信全无的小雪父亲传来的信息，而开始前往消灭都市。但，两人面前出现了意想不到的阻碍。那是对于小雪而言，过于冲击的现实——对幸存者的思念，暗中活跃的神秘组织，以及被隐藏起来的阴谋。拓也与小雪，原本素昧平生的两人，随着旅行逐渐加深关系，并逐渐逼近消灭都市的谜团。

我们每天生活在一个似是而非的世界中。但是，在这喧嚣的都市的某个角落，弥漫着特殊神秘的气氛。这里有一个与我们的的世界完全不同的世界。在这个世界的街上，无数的屏幕被放置在街头，传达着政府的意志，给他们提供各种各样的情报。这是一个市民被情报支配的高度发达的井然有序的社会。 　　而且，这个世界遭受来自宇宙各种各样生命“外星人”的侵略，他们不仅具有模仿人类的能力，而且能溶于任何物质和风景当中，潜伏在街道上。他们不仅能够理解我们人类的语言，而且可以用一种完全不同的交流手段交流。 　　但是他们之中有人伺机寻找侵略地球甚至灭亡人类的机会。为了防御来自宇宙的侵略，世界成立了一个凝结了世界最尖端科技的特别搜查队DEUS，那些DEUS的代理人，平时都潜伏在街道上，作为一般的市民生活，当发生了特殊事件后就接到指令，马上赶往事发地点，几个人一组执行任务。代理人之间都不知道真名，以代号互相称呼。 　　这到底是一个怎样的世界，为拯救这个世界而出现的红色巨人赛文X到底是谁，这就是贯穿全剧的最大的谜团 　　这故事的主人公仁，是DEUS的代理人。但是他丧失了自己以前所有的记忆。他为什么在这里？为什么被叫作“仁”这个代号？有自己到底是谁呢？ 　　但是他根本无暇考虑这个，他就被卷入了与外星人的战斗之中。那谜一样的女人艾丽亚给她的红色的眼镜的目的是什么呢？ 　　他最后能不能知道所有事情真相呢……

遥远未来，世界人口数在迎来巅峰后，开始呈现下降的趋势。人类为了让物种繁荣存续，制作出管理生态系的AI，并执行「人类多样化实验」。常人、兽人、魔族等经过遗传因子改造诞生的「多样人种」，在环绕高壁的生活圈之中，打造出被称作「CLUSTA」的「多样城镇」。有着丰富人口的「CLUSTA」，在各地都有不同的文化发展以及适合在地生活的人类居住。 　　为了不面临灭绝，人们都在AI的管理下度日──。

身心的疲劳或烦恼，虽然程度因人而异，大多数人都有这样的困扰。当它累积到无法自行恢复时无法承受的沉重压力会使得人的心智“受挫”。但是，有一群人类肉眼所看不见的女生团体，为了防范于未然而忙着到处由外部注入“气力”。人们称乎她们为“充电娘”。 　　充电娘也是一个职业，她们所属的NEODYM公司的职能，就是替生活在平行世界（我们的世界）中的“生命深度”明显低下的人类，进行注入“生气”的充电作业，以促使其灵魂的恢复。可是由于充电对象的新陈代谢很急剧，常会出现反效果，不但不能充电，反而会使其受伤，更甚者会危及其生命。这时候就需要绝缘服与接地线、还有探测人类受电级别的生命探测器等先进工具啦。而我们的布拉格大姐，因为她无厘头的个性，在充电中经常忘记接地线而导致被扣薪水……

新世历179年，一艘来历不明的巨大物体冲入地球，坠落在南亚得里亚岛。 　　人类在被这一从天而降的怪物吓得惊魂未定之时，以比安.佐尔达克博士为首，科学家们对这一天外来客进行了调查。调查结果表明，此战舰是外宇宙文明所开发出来的战舰，而且令科学家们感到惊恐的是，此战舰中的高科技表明外宇宙科技比地球目前的科技要先进许多。这也证实了比安博士之前就提出过的存在准备向地球进攻的外宇宙文明的假想，地球已经危在旦夕了。 　　在危机一步步逼近的情况下，一部分科学家对于外宇宙的高科技已经恐惧到了极点，许多人提出了逃离地球、移居其它星球的提议，而地球联邦政府的高官们并未意识到此事件的严重性，一方面极力隐瞒巨型战舰坠落的真相，一方面仍然一如继往地过着腐败不堪的生活。 　　在此危急之时，比安博士提出“人类无处可逃”，主张积极地发展军事与科技，全面准备抵抗异星人的入侵。为此以比安博士为首，科学家们加紧对战舰中的EOT技术进行解析与调查；而联邦军中的积极派也开始行动。 　　新世历183年1月，比安博士在南亚得里亚岛的EOT研究机构创建DC组织，并进行对异星人用新机体的研制与开发。 　　新世历185年6月，联邦军极东支部在DC、玛奥军工厂及迪斯拉.雷希研究所的协力下，开始SRX计划。

故事开端为第一季故事的七年之后。 　　高达模型对战的规则被革新，亦令其对战更受欢迎。 　　虽然伊织诚和岭司得到第7回敢达模型对战世界大赛的冠军，也令学校圣凤学园沾光不少。不过，其“高达模型对战部”就只剩下部长—国中部3年级学生·星野文奈一人。 　　在新比赛规则底下，如果要参加比赛必须以3人1组的参与战斗。而圣凤学园高达模型对战部郤因为人数不足的情况下难以出场。 　　在偶然的之间，出现了一名转校生，就是跟随师傅修行多年次元霸王流拳法的神木世界。之后，被称为天才高达模型创制家的高坂祐马也加入。 　　终于，星野文奈、神木世界、高坂祐马三人组成了Team·Try·fighters，能够在高达模型对战大赛中登场，向世界大赛展开挑战。

人称「红色彗星」的吉翁公国军王牌驾驶员夏亚·阿兹纳布尔，以及他的妹妹塞拉·玛斯。以决定两人命运的悲剧之始为背景，掌握Side3实权并统率公国的扎比家，兰巴·拉尔与黑色三连星等在「一年战争」中活跃的吉翁军名将们年轻时的勇姿，改变战况的人型机动兵器「机动战士」的开发秘闻，与地球联邦军之间的摩擦以及开战经过……等等这些「一年战争」以前的故事，初次以影像形式展现出来。

宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド４のスペースコロニー群、ムーアはジオン軍の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯電したデブリによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで構成された地球連邦軍所属部隊、ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍を殲滅せんとしていた。連邦の進軍を足止めせんとするジオン軍も、義肢兵の戦闘データ採取を目的に設立されたリビング・デッド師団を展開。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束縛される事を疎ましく思うイオ・フレミングと、過去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツは、戦場で対峙した時、互いに悟るのだった。ふたりは、殺し合う宿命なのだと……。