白滨兼一（关智一 配音）是一个为人和善性格懦弱的内向少年，因为这性格，兼一没少受同学的欺负。为了改变悲惨的现状，兼一决定改头换面重新做人，随即加入了学校的空手道部。没想到，在社团里，兼一的境遇并没有改变，因为被社员讨厌，兼一即将被驱逐出社团，唯一幸免于难的方法就是在于社员的比武中获胜，这对于兼一来说，几乎是不可能完成的任务。 　　名叫风林寺美羽（川上伦子 配音）的美少女出现在了兼一的面前，她告诉兼一，有一处名为梁山泊的道场聚集了无数的武林英雄豪杰。为了赢得比试，兼一走上了修炼的修罗之道，令他没想到的是，他平凡的人生即将被这一仓促的决定而彻底颠覆。

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。 　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。

两年前，帝丹中学在全国足球联赛中杀入决赛，可惜工藤新一（山口胜平 配音）在点球大战中射失关键的一球，令帝丹与全国冠军失之交臂。幸运的是，赛后新一却得到职业球员比护隆佑（樱井孝宏 配音）和远藤陆央的嘉赏，更力邀他加入Noir东京队，不过新一婉言谢绝。一周后，帝丹足球部的队员们来到活动室集合，却发现有人此前进入装备了密码锁的房间，在黑板上写下了所有球员的场上缺点。虽然指正得颇为中肯，但是大家随即开始猜测究竟何人所为。经过一番缜密推理，新一渐渐锁定了真正的目标…… 　　本片为名侦探柯南第16部剧场版《第11名前锋》的附赠影片。

真实身份谜团重重、每个人都有着复杂背景的危险一家——赤井家族。 在来叶崖假死的FBI探员赤井秀一，《名侦探柯南 绯色的不在证明》以他为中心展开，揭开了赤井秀一、世良真纯、羽田秀吉、玛丽等人的个性，以及他们几人之间的关系。 故事的高潮则在讲述赤井秀一华丽复活的“绯色”系列 。在某个事件中，赤井秀一的宿敌、代号为波本的安室透从FBI那打听到了“线索”。之后，安室透便深入调查赤井秀一与冲矢昴的关系。在经过了一系列的高智商攻防战后，赤井秀一的回归给所有人带来了冲击。 而在这一连串的“不在场证明剧”的真相背后，都有着柯南的身影—— 《名侦探柯南》系列中不可缺少的赤井一家，该总集篇将彻底解剖他们至今为止的行动轨迹、以及他们与柯南的关系。

一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！