悲伤的爱德华和阿尔冯斯两兄弟，试图利用炼金术中最大的禁忌——人体炼成术救活撒手人寰的母亲，谁知却遭遇巨大的灾难。失去身体的阿尔冯斯，其灵魂被封禁在铠甲中，爱德华则以自己的右臂和左脚为代价，迫使弟弟止步冥国门前。许多年后，爱德华（山田凉介 饰）成长为这个国家中最年轻的钢之炼金术师，他与弟弟（水石亚飞梦 配音）上下一心，共同奔跑在寻找贤者之石的道路上。与此同时，神秘的人造人拉丝特（松雪泰子 饰）、恩维（本乡奏多 饰）盘桓这个国家的角落，她们策划者恐怖的勾当，一时间上空阴云密布…… 　　本片根据荒川弘的原作漫画改编。

21世纪初，日本生物科技高度发达，其所研制并独家垄断的生物机器人极大推进了时代的进步，但同时其潜在的危害性也不断受到世界各国的指摘。不满于其他国家对该技术限制的呼声，日本于2067年单方面退出联合国，用高科技手段屏蔽一切外来信号，再次进入锁国状态。 　　此后整整10年间，关于日本的现状外界一无所知。美国政府急于了解日本当前的状况，虽派出特种部队SWORD秘密潜入这个已经封闭了十个年头的神秘国家。当特种队员VEXILLE（黒木メイサ 音）和里昂（谷原章介 饰）进入日本后，眼前的一切却令他们大吃一惊……

日本，幕府时代，流浪中的瞽女（抚琴卖艺的盲人女子）市（绫濑遥饰）在大雪中被人收留，收留她的男子心怀不轨，不想市一剑就将其刺伤。原来市深怀绝世剑法，流浪四方，目的是寻找一名男性盲人剑客。 　　市在途中与貌似胆小的落魄剑客十马（大泽隆夫饰）相识，二人结伴来到了一个村镇。这里有名为万鬼党的流氓团伙作恶，市轻易杀掉几个恶人，但十马却被当地人误会为英雄，十马被当地人为保镖。万鬼党的复仇随之而来，小镇面临一场腥风血雨。市与十马不仅要拯救大家的性命，还从万鬼党中得知了一直寻找的剑客的消息。