在人类将生活领域和自身欲望扩张到宇宙的时代，寻求自由的人们移民到宇宙中居住，他们的睿智孕育出发达的文明，不知不觉转变为对地球的一种威胁。 　　宇宙历0156年，地球联邦政府经历了与祖母星格兰地玛斯有史以来的第四次接触（4th note），也正是从这一年开始，联邦政府与【梅杜斯子民】之间的对抗正式拉开帷幕。 　　战争永无止境，牺牲不断增加…… 　　为了打开战局，联邦政府派出一名英姿飒爽的青年加入战局。年轻人名叫斯巴鲁•一之濑，不仅长相帅气、成绩优异，而且是宇宙战舰【提拉米斯】的王牌驾驶员。 　　全人类的希望都寄托在他的身上。 　　——然而，他实际上是个难以融入提拉米斯舰内集体生活，整日将自己关在专用机“杜兰德尔”驾驶舱内的“窝里蹲”……

与地球不同次元，名为“疫苗界”的地方是个和平稳定、四季如春的世界。某天，封印在那里的病毒大王“暗魔”逃了出来，往地球的方向逃亡。正为此事烦恼的疫苗界女神“玛雅”命令见习守护兽“麦丸”去追捕暗魔及暗魔所生出来的病毒。 　　对于其他次元的事一无所知的地球中，有一位不怎么出名的新人偶像——中原小麦。她在池袋的一个会场工作时，奉命追逐病毒却反而被攻击受伤的麦丸从空中掉了下来。被小麦抱住的麦丸感受到了她爱的力量，于是将魔法手杖交给小麦，说明了事情原委。虽然小麦对这件突如其来的事情感到困惑，但是由于她单纯且对有困难的人无法见死不救的个性，便一口气答应下来…。 　　于是，小麦除了担任魔法少女之外，还要从事偶像的工作，而学校也不能不去，小麦变成了一个大忙人。话说回来，她能够用爱的魔法拯救地球吗？ 　　收起