长久以来，名为“荒魂”的魔物威胁着人类世界的安全，然而一物降一物，对抗荒魂，则要请出随身携带着御刀的巫女们。她们隶属于日本特别祭祀机动队，是一群特殊的存在。平日里，巫女们在学校中过着平凡的校园生活，然而，一旦荒魂开始肆虐，女孩子们就必须拔出御刀，开始充满了危险和死亡的战斗。 　　个性开朗活泼的卫藤可奈美（本渡枫 配音）、拥有着和年龄不相称的沉稳气质的十条姬和（大西沙织 配音）、温柔高贵的千金大小姐柳濑舞衣（和气杏未 配音）、沉默寡言内向不羁的糸见沙耶香（木野日菜 配音），在和荒魂战斗的同时，这些少女们还在争夺着专门为她们设置的竞技比赛的冠军宝座。

舞台是象征理性的「青之世界」，然而正在遭受由本能支配的「红之世界」的生命体NightflyO’Note的袭击与侵略。17岁的主人公麻黄Akira就职为青之世界研究员，随后因为能力出众而被提拔为最前线的战斗指挥官，受命负责横跨石垣岛和西表岛而构成的对位相外防卫机关，通称「琉球LAG」。在那里她遇见了在第五战斗单元经过激战而全军覆灭之后，于四年前成立的第六战斗单元「IS」的学生们。主人公作为教官，率领着又称「Scared Rider Xechs」的6名骑手（Rider），共同浴血奋战，应对来自异世界的攻击和威胁。在这样的生活中，他们的友情也在逐渐加深。