这是一个跨越千年的故事。以表演人偶为生的青年国崎往人（小野大辅 配音）行走到了一个海边的小镇。四处游走的往人一直在寻找着“空中的少女”，这是往人的母亲逝世前曾一直对他说的话。原来流传着这样一个故事。有着翅膀的女孩被视为不幸的象征，终日被关在不见光的房间里，直到遇到那个命定的少年。二人就这样相爱了，但这恋情是不被允许的。于是女孩受到诅咒，陷入了轮回之中。往人在小镇里邂逅了少女神尾观铃（川上伦子 配音）。体弱多病的观铃和传说中的女孩极其相似。而他们的相遇如同千年前的那个传说，轮回的齿轮又开始了不休的运作…… 　　本片根据Key社著名的同名游戏改编，还有同名剧场版动画。

ストーリーの骨格はほぼ原作に忠実だが、登場人物や物語の展開に大幅な脚色が加えられている部分がある。例えば、ドミニクは原作版ではロイヤル家の三女だが、アニメ版では長女になっているほか、姉妹の絆を強く打ち出した演出などが加えられた。シドの刑務所が宇宙船となっているなど、劇場版の設定を踏襲している部分もある。TVアニメは低年齢視聴者が見ることもあり、原作者・寺沢武一の作風の特徴である肉感的ヌードシーンについてはそれなりの配慮がなされ、エロティシズムよりアクションが強調されている。とはいえ、女性キャラクターのボンデージ風のファッションまでがなくなっているわけではない。