新的学期开始了，外表凶狠但内心纯良的少年高须龙儿（间岛淳司 配音）决心利用重新分班的机会一扫往日同学对他的误解。更让他高兴的是，自己即将和暗恋了一年有余的栉枝实乃梨（堀江由衣 配音）成为同班同学。除此之外，还有多年的死党北村祐作（野岛裕史 配音）陪伴，一段崭新的高中生活展现在了龙儿的眼前。少女逢坂大河（钉宫理惠 配音）的出现吸引了龙儿的目光，并不是因为此人傲娇腹黑的别扭个性，而是因为在偶然中，龙儿发现，大河居然暗恋着自己的好友祐作。 　　在相互坦白了暗恋对象后，龙儿和大河决定结成统一的恋爱战线，利用相互的帮助来完成各自的恋爱蓝图。但现实并没有想象的那么简单，在重重的误会和波折之中，两人似乎对对方都产生了超越友谊的情感。

愚蠢的人类被贪婪所驱使，按下了那枚摧毁文明的按钮。浩劫过后，人类世界退回到暴力血腥的原始阶段，而在这混乱的世道中，拉奥所统领的拳王军所向披靡。当初，拉奥作为大师兄，曾和健四郎一同学习北斗神拳。这个有着1800年历史的暗杀拳法，始终奉行着唯一继承人的准则。拉奥虽然实力雄厚，却始终缺乏健四郎的悲悯之心。当后者成为北斗神拳的继承人化身为救世主时，拉奥转而走上更为黑暗的道路。当拳王军的铁蹄已经统治这个国家之时，南斗自由军揭竿而起，并邀请健四郎一同对抗他的宿敌——拳王拉奥…… 　　本片根据原哲夫、武论尊的经典漫画原著《北斗神拳（北斗の拳）》，是《真救世主传说 北斗神拳》的第三部。