《建军大业》主要讲述了1927年中共中央政治局“八七”会议前后，中国共产党以毛泽东、朱德、周恩来等为代表的先驱们，积极开展了创建人民军队的探索和实践。

抗日战阵时期，神州镖局接到一批文物，要送往革命根据地，交给八路当作军费。镖局老英雄苗峰，带着他的女儿苗香儿，以及一批热血男儿誓死护送文物，路上不但遇到了日本人的阻截，又遭遇一伙凶悍的土匪。一番斗智斗勇的厮杀之后，苗峰不幸身亡。宝物被日本人夺走，苗香儿求助于在大法寺高僧，得到大师的入世弟子陆有为帮助。这个时候，聂天鸣带领英勇的八路军小分队前来接应，遇上了苗香儿这路人马。白三等土匪也以大义为重，决定重新做人，加入了小分队，他们各施本领，终于夺回了文物。组成了一个以聂天鸣为中心的，凤凰山抗日武工小分队，继续与日本鬼子做战斗。

抗日战争时期，河北省涞源县上庄村，有个放牛娃王二小（丁俨 饰），父母被鬼子杀害后他参加了儿童团。一次，八路军县大队打了一个漂亮的伏击战，吃亏的鬼子展开疯狂扫荡，到处寻找八路军后方机关和伤病员。二小主动请缨进城为伤员买药，立功心切的二小满以为完成任务会得到货郎爷爷的表扬，不料对他未经批准独自行动的做法货郎爷爷进行了批评。进山送药途中，货郎爷爷遇难牺牲，小伙伴告诉他，舅舅狗剩当了汉奸，二小不敢相信自己的耳朵。鬼子小野带人突然包围了村子，威逼乡亲们说出八路军后方机关，残忍杀害了小伙伴秫秸，二小挺身而出，说自己知道八路军在哪儿，叫小野放过众乡亲。小野信以为真......

年轻的陈秋水（陈坤 饰）为少女王碧云（徐若瑄 饰）的弟弟雨萌当家庭教师，他清朗潇洒，有一套快乐的学习方法，两人一起唱歌学英文，简单快乐，很快就堕入爱河。然而陈秋水是左翼人士，为避难必须逃往大陆。虽然似乎是短暂的离别，但秋水离去前仍与王碧云私定终生，发誓矢志不渝。 　　但离别似乎很漫长 。秋水甚至与台湾失去了联络，但等待和思念仍埋在他的心中。部队护士王金娣（李冰冰 饰）对他坦言爱意，并展开追求。战争结束后，王金娣跟随秋水调至西藏，一路照顾无微不至。秋水亦多次寻碧云未果，决定把旧情藏于心底，不辜负决心随他的王金娣，二人成婚，但命运的嘲弄却在不远处。 　　秋水不知道，身在台湾的王碧云，终身未嫁，一生都在等待。

1938年中山舰殉难后受伤的抗战伤兵胡宜生，回宜昌养伤时正赶上宜昌大撤运。在号称“东方的敦刻尔克大撤退”行动中，胡宜生结识了共产党，并在共产党的感召下积极组织宜昌社会各界投入大撤运工作，使大撤运奇迹般地完成。胡宜生在成为宜昌英雄的同时，也赢得了土家妹子成四妹的爱情。随后，胡宜生随江防军驰援枣宜会战，见证张自忠为保宜昌而战死疆场，深感震撼。宜昌沦陷后，胡宜生拉起一支以土家族划夫队为主的民间武装，号称红旗营，不断袭扰打击日寇。1943年，日寇发起鄂西会战目标直指长江天堑石牌要塞，妄图拿下石牌，威逼重庆。胡宜生在中共地下党的指导下，率领民间武装，广泛发动群众，运送粮食与武器弹药，支援江防军作战，在被誉为“中国的斯大林格勒保卫战”的石牌大战中大败日军，从而谱写了一曲“民心不失、国门不倒”的抗日壮歌。

上世纪三十年代，能力出众，机智果敢，却没有坚定信仰的伪满警察许从良，在哈尔滨警察厅险恶的内部斗争中，凭借出色的破案才能，赢得了警察厅厅长金荣桂的信任；另一方面，许从良出于对警察厅刑事科科长关海丹的爱慕和对共产党人的钦佩，一次次帮助关海丹转危为安，并在多次行动中与关海丹并肩战斗，成长为了一名真正的共产党员。在血雨腥风的伪满警察厅，许从良一直在剃刀的边缘，与关海丹从敌对到合作，再到心心相印，最终赢得了关海丹的爱情，也收获了坚定的信仰。

民国年间，绸布庄少东家黄绍宁娶刘婉云为妻，不料新娘无故失踪。黄老夫人为传宗接代逼绍宁再娶，贫苦女秋荷为报恩嫁给绍宁，住进了被诅咒且灵异传奇不断的黄家大院，饱受惊悚及悲惨凄苦的折磨。 　　陈父与黄家生意竞争失败含恨而死，陈文海立誓报仇！他凭借超人的胆识潜入瑞盛祥卧底，与黄家管家吴妈及黄家养女雁儿串通把黄家大院搅得天翻地覆。绍宁同父异母的弟弟绍华回乡认祖归宗，遭陈文海算计爱上嫂子秋荷。绍宁妻离子散，黄家被逼到断子绝孙的境地。陈文海利用绍宁的信任抢得黄家产业，并陷害绍宁，使其被投入死牢待斩。已被富家收养的秋荷倾囊而出帮绍宁脱罪。绍宁欲接秋荷回家却遭到雁儿百般阻挠，雁儿如愿嫁给绍宁成为黄家第三任新娘，终因难产而死，留下一个女婴。陈文海深爱雁儿，雁儿之死使他在世上再没一个亲人，他失去人性杀婴儿解恨，却不知这是他和雁儿的女儿。最后凭秋荷的大义和坚忍挽救了黄家，改变了陈文海的命运！

1938年，流落于上海街头的失忆青年小夏，因无意中救助了唐家长子唐汉清，被唐家老爷收为关门弟子，学习雕刻红木家具。时值日军侵占上海，目睹日军暴行的小夏，逐渐恢复了记忆，他想起在南京大屠杀中，自己全家遭日军满门杀绝的惨痛经历，便开始了复仇之路。杀了鬼子，报了家仇，小夏归隐 山林。不料恩人唐家因此遭难，小夏义无反顾出山解救。而后在爱国学生唐家小女儿唐汉彩等人的影响下，逐渐认识到国不存家何在的道理。最终，小夏从一个个人复仇者，成长为在共产党引领下，为民族大义而战的抗日英雄。

1950年代，全国性剿匪战斗正进行的如火如荼，盘距在云雾山的残匪吴济天（李宗林 饰）部作着最后挣扎。田冬生（白英宽 饰）带领剿匪战士开进土匪驻地吴家寨，在稻草堆里发现方大嫂，老贫农周庆福（张延 饰）也赶来向田冬生介绍吴济天的密洞情况。焦五（田烈 饰）发现解放军进寨，火速通知吴济天，双方发生激战，撤退时田冬生被俘，被投入水牢，他伙同水牢被押同志将送饭匪徒打死，一并逃回驻地，连长（王枫 饰）批评了田冬生侦察中的轻率行为。团长（马世达 饰）掌握吴济天情况后，令全团进军吴家寨，溃逃的敌人被迫分散行动。朝鲜战争的爆发令吴济天心头一喜，但接二连三的行动失败也让他踏上一条不归路......

五月（徐忻辰 饰）和八月（裘立尔 饰）是一对感情十分要好的姐妹，从小生活在温暖的家庭之中，日子过得幸福美满。战争的到来在瞬间粉碎了两姐妹的家庭，父亲死了，整个家全靠坚强的母亲（叶童 饰）一人撑着。 　　祸不单行，八月生病高烧，母亲冒着危险来到被日军封锁的街道找药，之后不幸牺牲，侥幸逃脱的五月带着妹妹来到了教会建造的难民营之中。难民营的生活艰苦又充满了危险，终于，五月和八月盼来了亲人。跟随着舅舅，两姐妹来到了镇江并认识了同她们有着相似遭遇的男孩方毅（薛斌 饰）。很快，镇江也沦陷了，一次又一次陷入绝境的五月和八月这一次能够从险境中逃脱吗？