张翠山（吴镇宇 饰）携妻及子张无忌（李连杰 饰）从孤岛出发赶去给其师父贺百岁大寿的途中，被人暗算，张无忌中寒冰掌。在武当山，张翠山和妻子被各大门派逼迫致死，张无忌也不再能练习武功，只能靠张三丰每日所输真气得以残活。张三丰的举动引来宋青书（邹兆龙 饰）的妒忌，他联合了峨眉女弟子周芷若（黎姿 饰）共同对付张无 忌。明教圣女小昭（邱淑贞 饰）令张无忌改变命运，使其先在断崖上遇到高人治好体内寒冰毒、学会九成“九阳神功”，又在明教禁地练得“乾坤大挪移心法”。得知蒙古郡主赵敏（张敏 饰）设计令江湖六大派围攻光明顶想歼灭明教时，张无忌决意为拯救明教赴汤蹈火。

正德八年，一名代号龙太子的神秘人物浮出江湖，拟定了一份颠覆朝野的暗杀名单，名单上尽数保皇派重臣。铁手飞鹰的传人崇明初入江湖，受锦衣卫沈大人重托，保护手握兵权的袁大人，展开了一段腥风血雨的传奇历程。

电影讲述了乾隆年间，少年方世玉虽不喜约束，但为人侠义，虽偶尔惹出些事端，但会路见不平仗义相助。人在江湖逍遥游，奈何江湖风与波。方世玉与母亲苗翠花正忙着在父亲的眼皮子底下偷溜找乐子，嬉嬉闹闹安乐渡日，却突然被卷入一场关乎国家存亡的惊天阴谋之中。王府一家惨遭灭门之灾，世交陈府也惨遭牵连，父亲方德更是被陷害入狱择日斩首......方世玉与母亲苗翠花、陈月婷三人在调查真相的过程中，也不断的将自己陷入更加危险的境地。方世玉该如何揭露阴谋，为父平反。

清代雍正夺位后，暴虐寡恩，大兴"文字狱"。大学士吕留良、查嗣庭两家遭来族之灾。幸存的吕留良之女吕四娘凭着高超的武艺取下雍正的人头，祭奠屈死的父亲和珉山派的叔叔伯们。她为躲避追杀，带侄女吻妹、查家后代仇英和孤儿王显，隐居在登州蓬莱齐云山下。12年中，三人隐姓埋名，深居简出，练就一身好武艺，平日以做小买卖为生，伺机为家人报仇雪恨。 　　一天，仇英在街上卖素娥豆腐，忽然看见告密并杀害查氏家族的仇人马龙，仇英跟踪马龙前去寻仇。与此同时，在集市上，王显和吻妹的武功吓跑了寻衅闹事的马龙的两个恶奴--王五、赵六，于是暴露了隐居者的身份。得到报告的马龙，决定夜访吕四娘。这一切均在吕四娘的预料中。马龙非但没有探听出虚实，反被吕四娘追至塔林打折了左臂。仇英跟踪追回京师的马龙，因寡不敌众被擒。马龙与年知府定下以 仇英为诱铒捉拿吕四娘的毒计。身怀盖世奇功的吕四娘冒险两探府衙，终于迫使马龙释放了仇英。吕四娘身份暴露，便向吻妹讲述了吕家的遭遇和怒杀雍正的经过。而这一切均被王显偷听到，王显恨吕四娘不将吻妹嫁给他，终于叛师投敌，做了清廷鹰犬。王显的叛离，吕四娘无法隐居登州，遂要仇英、吻妹先行离开。未报家仇的仇英执意不从，吕四娘同意他去京师。仇英在妓院与马龙相遇，拼杀中马龙渐处下风，遂将仇英诱到城郊石桥，调清兵伏击仇英，正巧被赶往京师的吕四娘和吻妹撞见。仇英在四娘、吻妹的掩护下带伤冲出重围，不幸又落入王显埋伏。王显欲杀仇英，被策马赶到的四娘以"铁菩提"击断网绳，救下仇英，并处罚了王显。深秋时节，师徒三人来到千山脚下，四娘承袭师祖衣钵，就此投身空门。仇英与吻妹踏上新的征程。

黄澄可居住的忠义村，一夜之间惨遭屠戮，直属朝廷的坎门门主命坎门中的“幽萤”调查此案。 幽莺在调查案件时得知邻村村民曾在案发当夜救了一位身受重伤的忠义村村民，名叫黄澄可，她便带人前去将昏迷不醒的黄澄可带回坎门，请坎门中精通医术的首面官人将黄澄可从鬼门关上救了回来…

故事发生于唐高祖武德年间，由著名历史事件玄武门之变改编而成。故事的主线以江湖侠客李御风欲助李世民洗脱枉罪，遂以性命担保，以七日为限，追缴刺杀李渊嫁祸李世民的真正凶手，却意外发现了玄铁魔欲助李建成杀死李世民的密谋，以及李元吉勾结北方势力企图造反谋权的信物。李世民的幕僚也大都被李元吉嫁祸入狱，一时间长安大乱，李世民见自己步步退守，满盘皆输，不管如何忍让皆不被父亲疼爱，被兄弟算计，遂忍无可忍。武德九年，领三千兵马，在玄武门发动政变。千钧一发之际，李御风为保护李世民重伤身死……

铁桥三武馆开业当天，鬼车前来捣乱，并抓走徒弟加以迫害，铁桥三自己也差点丢了性命，在邓姗姗的帮助下，逐渐恢复，并联合徐大人设计将鬼车和洋人的阴谋破获。

武林第一暗杀高手无影剑叶啸风身手了得，行事神秘，所杀之人，皆为大奸大恶。不少高官富商、江湖人士都想与他结交。但整个江湖与叶晓峰说得上话的只有红尘客栈的老板谢红尘。

1863年，太平天国翼王石达开部在大渡河畔被清军打败，数万名太平军将士惨遭杀害。 　　10年后，翼王旧部张弛将军派杨啸岭携带绣有太平军秘密兵械库地形图的香袋，前往大凉山与彝族首领沙马木呷联系，共举反清大旗。杨啸岭假扮清廷士兵一路闯过了十一道关口后被清军团团围住，他急将香袋交给及时赶来的 义女杨枫，自己奋力掩护其夺路而去。杨啸岭杀出重围，不幸遭参将王应章的侍卫蒙戈的暗算，弥留之际巧遇义军首领木呷，并向他通报了军情，而且要警惕奸细。 　　木呷首领派义子尔古与拉哈下山去找杨枫。此时杨枫寻母心切，被当地大土司抓获并交给了参将王应章。尔古前来营救，厮杀之际，香袋被王应章仍出了窗外，后来被侍女果果所藏。隐蔽在木呷身边的奸细传信告诉王应章，被抓的杨枫乃石达开之女，且香袋就在自己的王府。不料，杨枫已被姨太放走，香袋也在查找时被烧掉。 　　尔古再次潜入王府打探情报想查出奸细，不幸被抓住投进了水牢，想法冲出后又遭官兵追杀，危急之时，果果帮助尔古逃了出来，分别时告诉尔古清廷五万大军即日就到，而奸细就是义父身边的铁博。尔古赶回山寨，而此时拉哈和军师已遭铁博毒手。木呷见事已至此，于是将计就计，设法诱王应章前往蚂蝗沟，同时派尔古带人直取王的老巢。果果和尔古里应外合，将蒙戈杀死，运走王应章的所有兵械。跑回来的铁博受王应章的派遣却钻进了木呷设下的埋伏，并最终得到了应有的下场。 　　至此，终于在清廷五万大军杀来之前保住了石达开留下的兵械库。

明朝熹宗年间，宦官魏忠贤图谋不轨，陷害忠良。东林党人顾宪成等豪侠之士，欲以“羊皮密卷”上呈熹宗，事未成，诸忠良遭魏杀害，唯顾宪成小女小云携“羊皮密卷”水遁逃去，投奔钱员外以求暂且栖身。钱员外贪功图利，欲向东厂报告，被幼女玲玲、幼子小胖发现后，告之小云。幸有一神秘道士“不知道人”飞身将小云救走，并窃走落入钱员外手中的“羊皮密卷”，将小云安置在一破庙中。庙中一名叫石头的小乞丐将小云打扮成乞丐女，混入街市寻找其他忠良后代。小云和石头结识了顽童小豆子和鼻涕虫。在他们走投无路之际，又有野道士暗中以“飞叶传书”指引他们投奔少林寺。来到寺门前，又遇见另一忠良遗孤高天鹏。少林寺念及孩子们的处境，破例收他们为弟子，交青草大师引领。一天，小云随少林寺俗家弟子至善外出学剑法，途中被魏忠贤手下杀手认出，双方激战，神秘道士助至善击退杀手。得到消息后，魏忠贤下令围剿少林寺。青草大师、至善护送孩子们离寺躲避。方丈被捕当作人质。为救方丈，小云私自下山而陷入重围。正当小云不支之时，道士、笑痴僧及师妹青青、苗苗赶来助战。道士战死，小云亦身中毒箭落井而亡。f临终前，小云将“羊皮密卷”托交至善。笑痴僧掩护至善、青青、苗苗突围。青草大师这时也已被东厂高手杀害。少林寺武惠师叔率至善等来到干佛崖古穴绝地，利用历代少林寺祖师遗留穴中之玄机，将追来的魏忠贤的手下先后除去。魏忠贤身怀刀枪不入之童子功，将他们逼向绝境。至善和苗苗悟出穴中有遗字秘诀，将蜡封闭气中的心明大师由蜡封中引出。心明大师用尽丹田修练的真元之气，全力一击，将魏忠贤的童子功破除，自己因元气大损而亡，但保住了忠良之后、少林幼苗。