为了保护少女们的安全、而被杀死的椎名和也，作为贵族的第三子——凯因‧冯‧西尔弗特，转生到了梦中所见的那个剑与魔法的世界。按照这个世界的习惯，凯因在五岁时候接受了洗礼，得到了众神的加护…然而因为得到了太多的神之加护，反而超越常人成为了『神之使徒』？

成神阳太（花江夏树 配音）是一位非常平凡的男子高中生，正在享受他高中生涯里的最后一个暑假。一天，正在篮球场打球的阳太邂逅了一位名叫佐藤雏（佐仓绫音 配音）神秘少女，少女告诉了阳太一个惊人的消息——“30天后，世界就会毁灭”。 　　阳太收留了无家可归的雏，虽然对她的暴言半信半疑，但雏所展现出的准确的预知能力让阳太渐渐开始相信她所言非虚。个性沉稳成绩优异的伊座并杏子（石川由依 配音）、外表看似冷淡但实际上有着一副热心肠的国宝阿修罗（木村良平 配音）、总是懒懒散散大大咧咧的成神空（桑原由气 配音），雏很快就交到了一群好朋友。

在未来世纪（Future Century，F.C.）由于地球严重被污染，人类移往宇宙殖民星，建立了新中国、新日本、新美国等殖民星国。各国在地球虽然还存有领土，但已受到严重的忽视。 　　为了避免战争，各国决定以一场高达擂台赛(Gundam Fight，高达武斗)来决定各殖民星国对地球的统治权。比赛每四年一度，以地球为擂台，每个国家（殖民星）派出一位代表参赛，一对一以高达对战，直至只有一名胜利者。胜利者所属国家可擭得各殖民星国及地球管理权四年，直至另一个国家在下一次高达对决获胜。 　　而活在地球上的居民，便要忍受在各国代表在对战时所造成的破坏。 　　故事发生在未来世纪六十年开始，当时正开始第十三届高达擂台赛。故事的主角，来自新日本的code error!，为了追寻盗去以DG细胞三大理论，自我增殖、自我再生、自我进化设计出来的code error!(Devil Gundam)的兄长，决定参加这一次的高达对决，故事就此展开。

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验…… 　　本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。

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