突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 　　不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。

2071年，随着超光速航行技术的实现，人类得以在太阳系范围内方便的移动，但是由于设计上的失误，这种技术引发了月球的爆炸，无数的月球碎片被吸引向地球，造成了空前绝后的大灾难。存活下来的人类逃离地球，并开始在太阳系各地建立家园。由于这次灾难，国家政府等权利机构都极为不稳定、治安问题也成为了一个难题。有些组织开始允许个人抓捕通缉的罪犯并换取奖金，这就是“赏金猎人”。史派克和杰特是驾驶飞船BEBOP号在宇宙中以捉拿逃犯获取奖金为生的赏金猎人。两人在星际间的旅程中，结识了身负巨债、嗜财如命的美女菲和电脑神童艾德，并收养了拥有高智商的数据狗爱因。从此，四人一狗游荡在广阔之宇宙之中，在自己与他人的生活中经历著种种悲欢离合，也寻找著各自的过去。

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验…… 　　本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。